由于農(nóng)藥的品種繁多，各種農(nóng)藥的化學(xué)結(jié)構(gòu)各異，不同的農(nóng)藥需采取不同的檢測方法，同時中藥中自身的化學(xué)成分的性質(zhì)若與農(nóng)藥相近，就會對農(nóng)藥的檢測形成干擾。中藥中農(nóng)藥的殘留量屬于痕量級，所有這些決定了中藥農(nóng)藥檢測存在著較大的難度，許多學(xué)者都致力于探索中藥中農(nóng)藥殘留檢測的方法。許多科技型企業(yè)也研發(fā)了各種型號的農(nóng)藥殘留檢測儀來做中藥材的農(nóng)藥殘留檢測，據(jù)文獻(xiàn)報道現(xiàn)有的中藥農(nóng)藥檢測的方法主要有以下這些：
氣相色譜法（GC）
氣相色譜法（GC）是農(nóng)藥殘留測定主要的分析手段，在有機(jī)氯和有機(jī)磷農(nóng)藥的分析領(lǐng)域中GC法仍占絕對優(yōu)勢。且由過去以填充柱為主，轉(zhuǎn)為目前以毛細(xì)管柱為主。
高效液相色譜法（HPLC）
高效液相色譜法（HPLC）在農(nóng)殘分析的應(yīng)用越來越廣泛，適合在分析熱不穩(wěn)定與強(qiáng)極性農(nóng)藥及其代謝產(chǎn)物，而且能夠與柱前提取、純化及柱后熒光衍生化反應(yīng)并與MS等聯(lián)用，易實現(xiàn)分析自動化，同時一些新型檢測器的問世在一定程度上提高了HPLC的檢測靈敏度。其局限性在于主要用于對熱不穩(wěn)定、難揮發(fā)的離子型農(nóng)藥，現(xiàn)常常用在氨基甲酸酯類化合物分析測定。
氣相色譜-質(zhì)譜法（GC-MS）
氣相色譜-質(zhì)譜法（GC-MS）GC-MS和GC-MS-MS聯(lián)用技術(shù)已經(jīng)成熟，MS已成為農(nóng)殘分析中的常用方法，由于串聯(lián)質(zhì)譜（MS-MS）可以減少干擾物的影響，提高儀器的靈敏度，隨著質(zhì)譜技術(shù)的發(fā)展，質(zhì)譜法已成為農(nóng)藥殘留分析的有效手段，用化合物的質(zhì)譜圖鑒定組分優(yōu)于色譜的保留時間，用色譜保留時間和質(zhì)譜指紋數(shù)據(jù)對化合物進(jìn)行分析，最大限度地保證了分析的可靠性。
薄層色譜法（TLC）
薄層色譜法（TLC）TLC無需特殊設(shè)備，簡便易行，能夠同步分析多個樣品，多數(shù)用在復(fù)雜混合物的分離與篩選。TLC除用特殊的顯色劑觀察斑點(diǎn)顏色和用Rf定性外，與其它技術(shù)聯(lián)用，不僅可定性，而且可對樣品中被分離的一種或多種成分進(jìn)行定量分析。
酶聯(lián)免疫吸附法
酶聯(lián)免疫吸附法（enemy linked immunosorbent asaay,ELISA）利用酶標(biāo)記抗體、抗抗體或抗原，通過抗原抗體之間發(fā)生ELISA反應(yīng)，依靠比色來確定農(nóng)藥殘留量。其方法優(yōu)點(diǎn)是特異性強(qiáng)，靈敏度高，快速簡便，可準(zhǔn)確定性定量，適用于現(xiàn)場分析；缺點(diǎn)是由于制備抗體較困難，可能會出現(xiàn)假陽性或假陰性現(xiàn)象。
活體生物測定法（ABBA）
原子吸收光譜法
原子吸收光譜法主要用于無機(jī)鹽農(nóng)藥的檢測。
總之，對藥材生產(chǎn)基地規(guī)定其選擇標(biāo)準(zhǔn)，一般選擇生地，以避免土壤經(jīng)多年種植中遺留的農(nóng)藥影響所種植藥材的質(zhì)量。規(guī)定中藥材生產(chǎn)可限制性使用的化學(xué)農(nóng)藥種類、毒性分級、施用農(nóng)藥的時間及方法、農(nóng)藥的最小有效用量及最后一次施藥距采收間隔期。對藥材種植人員，應(yīng)加大植保知識的宣傳力度，杜絕使用高毒農(nóng)藥及假冒偽劣農(nóng)藥；教育其以生態(tài)學(xué)指導(dǎo)，充分利用抗性品種和天敵兩大優(yōu)勢，盡量減少農(nóng)藥使用量，并逐步過渡到不使用農(nóng)藥生產(chǎn)的綠色中藥材。改善中藥加工的設(shè)備和倉儲條件。避免中藥材在加工、倉儲過程中受到污染。
逐步建立各類中藥農(nóng)藥殘留檢測的方法、限量標(biāo)準(zhǔn)以及監(jiān)測機(jī)構(gòu)。伴隨著5中藥材生產(chǎn)質(zhì)量管理規(guī)范（試行）6等法規(guī)的施行，相信我國藥材生產(chǎn)必將進(jìn)入有序良性發(fā)展軌道，從而使我國藥材以高品質(zhì)進(jìn)入國際市場，參與市場競爭。
